Studia doktoranckie (zwane też studiami III stopnia) prowadzone są w oparciu o przepisy Ustawy o szkolnictwie wyższym oraz szczegółowe rozporządzenia Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego (zob. Akty prawne).

Celami studiów doktoranckich na Wydziale Filozoficznym są: uzyskanie kompetencji nauczyciela akademickiego oraz przygotowanie do samodzielnej pracy naukowej. Pierwszemu celowi służą specjalne zajęcia z metodyki dydaktyki filozofii oraz praktyki dydaktyczne (prowadzenie lub współprowadzenie zajęć). Drugiemu celowi służą przygotowanie i obrona rozprawy doktorskiej, które powinny doprowadzić do uzyskania tytułu naukowego doktora nauk humanistycznych w zakresie filozofii.

Studia trwają zasadniczo 4 lata, choć możliwe jest ich wcześniejsze ukończenie w przypadku wcześniejszej obrony rozprawy doktorskiej. Z uwagi na specyfikę tych studiów wiele spraw zorganizowanych jest inaczej niż podczas studiów I i II stopnia. Nad pracą każdego doktoranta czuwa wyznaczony opiekun naukowy (a po otwarciu przewodu doktorskiego – promotor). Każdy doktorant zobowiązany jest na zakończenie każdego roku do składania pisemnego sprawozdania z własnej pracy naukowo-dydaktycznej (zatwierdzone przez opiekuna lub promotora). Podczas studiów obowiązuje rozliczenie roczne.

Studia doktoranckie z filozofii można podejmować posiadając magisterium (lub odpowiedni stopień), w przypadku magisterium z dziedziny innej niż filozofia konieczne jest zaliczenie dodatkowego kursu uzupełniającego (eksternistyczny). Absolwenci podyplomowych studiów z Filozofii i Etyki na Wydziale Filozoficznym UPJPII zwolnieni są z większości tych przedmiotów.