Podstawowym zadaniem Wydziału jest tworzenie środowiska, w którym możliwie najlepsze warunki do poszukiwania prawdy oraz rozwoju osobowego (szczególnie na płaszczyźnie moralnej i religijnej). Przyjmując, że zadaniem filozofii jest „integrujące spojrzenie i zaufanie do rozumu zdolnego służyć prawdzie”¹ szczególną misją Wydziału Filozoficznego UPJPII jest kształtowanie „rozumu otwartego na wiarę”², dzięki czemu realizuje się specyficzne posłannictwo filozofii w życiu Kościoła. Refleksja filozoficzna „powołana przede wszystkim do podjęcia wyzwania, polegającego na praktykowaniu, rozwijaniu i obronie racjonalności «o najszerszych horyzontach»”³ powinna być uprawiana na Wydziale w duchu wolności poszukiwań, ma respektować najnowsze osiągnięcia nauk oraz powinna włączać się w aktualne debaty. Powinno się to dokonywać poprzez otwarcie na prawdę, dobro i piękno, poprzez krytyczne otwarcie na przekonania każdego człowieka i każdej kultury, „a także podejmowanie dialogu ze wszystkimi, z zachowaniem wyrazistej i wolnej od lęku postawy”⁴. Mając świadomość tak wysokich wymagań konieczne jest inspirowanie trwającego przez całe życie wysiłku poszukiwań. Tylko wtedy staje się możliwe kształcenie i prowadzenie badań na najwyższym, z dostępnych nam, poziomie. Wydział Filozoficzny, zgodnie z długą tradycją uczelni katolickich, powołany jest również do formacji intelektualnej kapłanów i teologów.