Historia Wydziału Filozoficznego UPJPII związana jest z dziejami Uniwersytetu Jagiellońskiego. Uniwersytet Papieski Jana Pawła II w Krakowie (dawniej Papieska Akademia Teologiczna), wraz z działającym w jego obrębie naukowym ośrodkiem filozoficznym, wywodzą się z działalności dawnego Wydziału Teologii UJ erygowanego w 1397 roku.

Rozważania filozoficzne gościły na Wydziale Teologicznym od jego początków, ale szczególny rozwój tzw. „filozofii chrześcijańskiej” datuje się od czasów encykliki Aeterni Patris (1879).

Pionierem nowoczesnej filozofii chrześcijańskiej stał się ks. Stefan Zachariasz Pawlicki CR (1839-1916), który jako pierwszy uczony został powołany w 1882 r. na Katedrę Filozofii Chrześcijańskiej Wydziału Teologicznego UJ (była to pierwsza tego typu katedra w całej monarchii austro-węgireskiej, do której należał wówczas Kraków). Pawlicki był jednym z najważniejszych polskich filozofów II poł. XIX wieku, a stworzona przez niego koncepcja budowy nowoczesnej niescholastycznej myśli katolickiej w oparciu o wzory myśli starożytnej i akceptację wyników nowoczesnych nauk okazała się pionierska w skali całej filozofii chrześcijańskiej.

Zarówno Pawlicki, jak i jego następcy, czyli neoscholastyczny filozof przyrody ks. Franciszek Garbryl, słynny historyk filozofii ks. Konstanty Michalski CM czy wybitny przedstawiciel Koła Krakowskiego ks. Jan Salamucha, kładli podwaliny pod filozofię próbującą ukazać spójny obraz szeroko rozumianej nowoczesnej kultury oraz wiary.

Spadkobiercami tej tradycji stali się myśliciele działający w trudnym okresie powojennym, którzy próbowali zachować i rozwijać myśl chrześcijańską w czasach planowej ateizacji kultury polskiej.  Szczególnie trudny okazał się rok 1954, kiedy władze PRL jednostronną decyzją usunęły Wydział Teologiczny z Uniwersytetu Jagiellońskiego nie likwidując go, ale przenosząc część kadry pracowniczej do podległej władzom komunistycznym Akademii Teologii Katolickiej w Warszawie.

Wydział Teologiczny nie zaprzestał jednak starań o odzyskanie swoich praw, prowadząc przy tym autonomiczną działalność w oparciu o prawo kościelne. Dyscypliny filozoficzne, jako fundamentalne dla wykształcenia przyszłych teologów, rozwijane były przez filozofów takich jak ks. Kazimierz Kłósak i ks. Aleksander Usowicz.

Dzięki staraniom ks. Mariana Jaworskiego w 1970 roku podjęto decyzję o podziale Wydziału Teologicznego na sekcje i katedry, w wyniku czego powstała sekcja filozofii, składająca się ośmiu katedr, w ramach których organizowano działalność naukową i dydaktyczną. W tym okresie środowisko filozoficzne na Wydziale kształtowało się dalej w dużej mierze za sprawą inicjatyw ks. kard. Karola Wojtyły. Dzięki podejmowanym przez niego staraniom, w roku 1973 działalność rozpoczęło Studium Myśli Współczesnej, kierowane przez ks. Józefa Tischnera i Stanisława Grygiela, działające nieprzerwanie do 1984 r.

Tematyka zajęć prowadzonych w Pałacu Arcybiskupim przy ul. Franciszkańskiej 3 skupiała się wokół problemów filozofii człowieka, etyki, filozofii Boga, filozofii przyrody i współczesnej myśli teologicznej. Wśród wykładowców znajdowali m.in. ks. M. Heller, o. J.A. Kłoczowski, ks. J. Makselon, Karol Tarnowski, ks. Tadeusz Wojciechowski, ks. J. Życiński. Studium organizowało również sympozja i spotkania z osobami reprezentującymi różne dyscypliny naukowe i stanowiska światopoglądowe jak np. S. Lem, J. Hennelowa, T. Żychiewicz, B. Cywiński.

Początki Studium Myśli Współczesnej zbiegły się także w czasie ze staraniami ks. kard. K. Wojtyły w sprawie powołania Wydziału Filozoficznego. 23 grudnia 1976 roku Kongregacja Wychowania Katolickiego wydała Dekret ustanawiający Papieski Wydział Filozoficzny. Z licznych jednak względów – głównie natury politycznej – Wydział Filozoficzny formalnie mógł funkcjonować tylko jako Instytut Filozofii przy Papieskim Wydziale Teologicznym w Krakowie. Realizacja Dekretu ze względu na trudności stawiane przez władze komunistyczne odbywała się etapami.

Szczęśliwe zwieńczenie starań kard. Wojtyły możliwe stało się dopiero po wyniesieniu go na Stolicę Piotrową. 8 grudnia 1981 roku Jan Paweł II wydał  motu proprio Beata Hedvigis, na mocy ustanowiono Papieską Akademię Teologiczną, składającą się z trzech wydziałów, w tym Wydziału Filozoficznego. Od tego momentu Wydział zaczął oficjalnie funkcjonować wobec państwa polskiego. Dokument papieski  został wydany na pięć dni przed bezprawnym wprowadzeniem w Polsce stanu wojennego, a władzom PRL nie udało się udaremnić powstania nowego ośrodka myśli katolickiej.

Zanim jednak uzyskano upragnioną autonomię w 1981 roku, środowisko krakowskich uczonych skupionych wokół Instytutu Filozofii prowadziło już własną działalność. Przykładem szeroko zakrojonych inicjatyw były m.in. konwersatoria interdyscyplinarne, organizowane od 1978 roku, w trakcie których liczni uczeni – nie tylko filozofowie i teologowie, ale również biologowie czy fizycy – dyskutowali na tematy z pogranicza filozofii, nauki, wiary i sztuki. W ciągu kilkunastu lat swoje wystąpienia mieli tutaj tak sławni uczeni jak G.V. Coyne, P. Feyerabend, Ch. W. Misner, A. Plantinga, F. Tipler, C.F. von Weizsäcker. Ówczesne spotkania zaowocowały m.in. powstaniem  Ośrodka Badań Interdyscyplinarnych i czasopisma , „Zagadnienia Filozoficzne w Nauce”, które ukazuje się po dzień dzisiejszy.

Od roku 1981 Wydział Filozoficzny działa jako samodzielna jednostka naukowo-dydaktyczna,  zajęcia prowadzone były początkowo w pomieszczeniach klasztoru augustianów przy ul. Augustiańskiej w Krakowie, a następnie przeniosły się do budynku przy ul. Franciszkańskiej 1. Główny obszar tematyczny podejmowanych badań stanowiły zagadnienia z zakresu filozofii człowieka, etyki, filozofii Boga (w których przodował zwłaszcza ks. J. Tischner oraz jego współpracownicy), a także filozofii w nauce (tutaj działali głównie ks. M. Heller, ks. J. Życiński oraz ich współpracownicy). Cechą wspólną tak jednej, jak i drugiej grupy filozofów okazała się próba budowania bardziej nowoczesnej filozofii w duchu chrześcijańskim, odcinającej się od myśli tomistycznej – można więc uznać, że jest to w dużej mierze realizacja prekursorskiej wizji ks. S. Pawlickiego.

Ważnym wydarzeniem drugiej połowy lat osiemdziesiątych było także powstanie Międzywydziałowego Instytutu Bioetyki w 1987 roku, powołanego do istnienia dzięki staraniom ks. K. Szczygła, a obecnie kierowanego przez ks. Andrzeja Muszalę i ks. Tadeusza Biesagę. Od początku działalności Wydział skupiał się również na prowadzeniu badań z zakresu psychologii, zwłaszcza psychologii religii i tanatopsychologii, których pionierem na skalę krajową jest ks. J. Makselon.

Po roku 1989 rozpoczął się nowy okres dla Wydziału Filozoficznego – czas stopniowych przemian i rozwoju, skutkujących prowadzeniem coraz bardziej zaawansowanych badań naukowych. Studia filozoficzne stanęły otworem przed maturzystami (wcześniej podjęcie studiów z filozofii wymagało ukończenia przynajmniej trzech lat na innym kierunku), a oferta dydaktyczna stawała się coraz bardziej zróżnicowania, także dzięki poszerzeniu kadr.

Podniesienie Papieskiej Akademii Teologicznej do rangi Uniwersytetu Papieskiego 19 czerwca  2009 roku okazało się kolejnym ważnym wydarzeniem w naszej historii. Na chwilę obecną Wydział składa się z 13 katedr prowadzących działalność naukowo-dydaktyczną w nawiązaniu do najlepszych tradycji filozoficznych, a przy tym w otwarciu na pytania płynące ze strony współczesności.

Wydział Filozoficzny nawiązuje również faktycznie do swych historycznych związków z Uniwersytetem Jagiellońskim. Wyrazem tego stało się utworzenie 2 października 2008 r. Centrum Kopernika Badań Interdyscyplinarnych, które jest jednostką wspólną Uniwersytetu Jagiellońskiego i Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II.  Centrum utworzone zostało z inicjatywy ks. M. Hellera, który ofiarował środki z prestiżowej nagrody Templetona na prowadzenie działalności na pograniczu filozofii i nauk, co stanowi rozwinięcie działalności OBI gromadzącej od prawie czterech dekad uczonych z obu ośrodków.